| Aa | Artois-Picardie | Abandonné |
| Agout supérieur | Adour-Garonne | Achevé |
| Agout-Thore | Adour-Garonne | Achevé |
| Alagnon | Loire-Bretagne | Achevé |
| Albarine | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Albarine (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Allaine | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arc | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arc provençal | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arc provençal (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ardèche | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ardèche Claire | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ardèche et affluents d'Amont | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arly. Doron. Chaise | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Armançon | Seine-Normandie | Achevé |
| Arve | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arve (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Asse | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Aude | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Aunelle-Rhônelle-Hogneau | Artois-Picardie | Achevé |
| Aven-Ster-Goz | Loire-Bretagne | Achevé |
| Aveyron | Adour-Garonne | Achevé |
| Aveyron amont | Adour-Garonne | Signé en cours d'exécution |
| Aveyron Aval-Lère | Adour-Garonne | Achevé |
| Ay | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ay - Ozon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Azergues | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Baie d'Azur (d'Antibes à Cap d'Ail) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Baie de Canche | Artois-Picardie | Achevé |
| Baie de Fort-de-France | Martinique | Achevé |
| Baie de la Métropole Aix-Marseille-Provence (transition 2023-2024) | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Baie de la Rance | Loire-Bretagne | Achevé |
| Baie de la Rance (2ème contrat) | Loire-Bretagne | Achevé |
| Baie de Morlaix | Loire-Bretagne | Achevé |
| Basse vallée de l'Ain | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bassin versant de l'étang de l'Or | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bassin versant des Usses | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bassin versant du lac du Bourget | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bassin versant du lac du Bourget (2ième) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Beaume-Drobie | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Besbre | Loire-Bretagne | Achevé |
| Bèze-Albane | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bienne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bléone | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bourbre | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Bourret et Boudigau | Adour-Garonne | Achevé |
| Brévenne Turdine | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Brévenne Turdine (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Buech | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Cadière et étang de Bolmon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Calavon-Coulon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Calavon-Coulon (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Cance-Deume-Torrenson | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Canche | Artois-Picardie | Achevé |
| Caramy-Issole | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Célé | Adour-Garonne | Achevé |
| Célé 2020-2024 | Adour-Garonne | Signé en cours d'exécution |
| Célé (2ème contrat) | Adour-Garonne | Achevé |
| Céou, Germaine, Tournefeuille | Adour-Garonne | Achevé |
| Cère amont | Adour-Garonne | Achevé |
| Cère aval | Adour-Garonne | Achevé |
| Cérou | Adour-Garonne | Achevé |
| Cérou Vère | Adour-Garonne | Achevé |
| Cérou Vère (2e contrat) | Adour-Garonne | Signé en cours d'exécution |
| Cèze | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Cèze (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Chalonnais Thalie, Orbize et Corne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Chassezac | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Chéran | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Chiers | Rhin-Meuse | Achevé |
| Clarence | Artois-Picardie | Achevé |
| Coise | Loire-Bretagne | Achevé |
| Coise (2ème contrat) | Loire-Bretagne | Achevé |
| Contrat de Baie de la Rade de Toulon et des Iles d'Or | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Contrat de baie des Iles d'Or | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Contrat Littoral Sud | Martinique | Signé en cours d'exécution |
| Delta de la Camargue | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Deux Helpes | Artois-Picardie | Achevé |
| Dheune | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Dordogne Atlantique | Adour-Garonne | Achevé |
| Dore | Loire-Bretagne | Achevé |
| Doux | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Doux, Mialan, Veaune, Bouterne, petits affluents du Rhône et de l'Isère | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Drac amont 2011-2018 | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Drac amont 2021-2026 | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Drac Isérois | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Dranses et Est Lémanique | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Drôme et Haut Roubion | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Drôme et Haut Roubion (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Durgeon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Durgeon (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Est lyonnais | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Etang de Berre | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Biguglia - Bevinco | Corse | Achevé |
| Etang de Canet Saint-Nazaire | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de l'Or | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Salses-Leucate | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Salses-Leucate (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Salses-Leucate (3ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Thau | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Thau (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etang de Thau (3ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Etangs du Narbonnais | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Eygues - Aygues | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Eyrieux | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Eyrieux (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Fangu | Corse | Achevé |
| Fier et Lac d'Annecy | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Foron du Chablais Genevois | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Furan et affluents | Loire-Bretagne | Achevé |
| Galaure | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Galion | Martinique | Achevé |
| Gardons | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Gardons (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Garon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Garon (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Gartempe | Loire-Bretagne | Achevé |
| Gave de Pau | Adour-Garonne | Achevé |
| Gave de Pau amont (2ème contrat) | Adour-Garonne | Achevé |
| Gave du Saison | Adour-Garonne | Achevé |
| Gier | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Gier (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Giffre et Risse | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Giscle | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Giscle et fleuves côtiers du Golfe de Saint-Tropez | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Golfes de Lérins | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Gorges de l'Aveyron | Adour-Garonne | Achevé |
| Grande Baie Martinique | Martinique | Signé en cours d'exécution |
| Grande rivière à Goyaves | Guadeloupe | Abandonné |
| Grésivaudan | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Gresse, Lavanchon, Drac aval | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Grosne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Guiers | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Guiers (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Guil | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Haut Adour | Adour-Garonne | Achevé |
| Haut Adour (2ième) | Adour-Garonne | Abandonné |
| Haut Allier | Loire-Bretagne | Achevé |
| Haute Dordogne | Adour-Garonne | Achevé |
| Haute-Durance Serre-Ponçon | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Haute Somme | Artois-Picardie | Achevé |
| Haute vallée de l'Yvette | Seine-Normandie | Achevé |
| Haut Tarn | Adour-Garonne | Achevé |
| Hem | Artois-Picardie | Achevé |
| Hérault | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Hérault (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Herbasse | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Hers-Touyre | Adour-Garonne | Achevé |
| Huveaune | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Isère en Tarentaise | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Joyeuse, Chalon et Savasse | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Joyeuse Chalon Savasse (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lac Chambon | Loire-Bretagne | Abandonné |
| Lac d'Aiguebelette | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lac de Paladru et Fure | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lacs de Parentis et Biscarosse | Adour-Garonne | Achevé |
| Lange Oignin | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lange Oignin (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lanterne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lez et ses affluents | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Lignon du Forez | Loire-Bretagne | Achevé |
| Lignon du Forez (2ième) | Loire-Bretagne | Achevé |
| Lignon du Velay | Loire-Bretagne | Achevé |
| Littoral Nord Martinique | Martinique | Élaboration |
| Loiret | Loire-Bretagne | Achevé |
| Lot amont | Adour-Garonne | Signé en cours d'exécution |
| Lot aval | Adour-Garonne | Achevé |
| Lot Colagne | Adour-Garonne | Achevé |
| Loue | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Mâconnais | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Marque | Artois-Picardie | Achevé |
| Méouge | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Métropole Marseillaise | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Meyne et annexes du Rhône | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Meyne et annexes du Rhône (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Moder | Rhin-Meuse | Achevé |
| Moyenne Meuse | Rhin-Meuse | Achevé |
| Nappe de Crau | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nappe de Dijon Sud | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nappe de Dijon Sud (2022-2024) | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Nappe des sables astiens | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nappe des sables astiens (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nappe des sables astiens (3e contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nappe et Basse Vallée du Var | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nartuby | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Nartuby (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Nivelle, Untxin et baie de Saint Jean de Luz | Adour-Garonne | Achevé |
| Nives | Adour-Garonne | Achevé |
| Odet-Steir-Jet | Loire-Bretagne | Achevé |
| Ognon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ognon (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Oise amont | Seine-Normandie | Achevé |
| Ondaine et affluents | Loire-Bretagne | Achevé |
| Ondaine - Lizeron | Loire-Bretagne | Achevé |
| Orain | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Orb (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Orb et Jaur | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Orb et Libron | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ouche | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Ouvèze provençale | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Ouvèze vive | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Paillons | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Paladru Fure Morge Olon (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Pays de Gex - Léman | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Pays de Gex - Léman (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Quatre vallées du Bas-Dauphiné | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Quatre vallées du Bas-Dauphiné (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rade de Brest | Loire-Bretagne | Achevé |
| Rade de Toulon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rade de Toulon (2ième) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rade de Toulon (contrat Métropolitain) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rance | Adour-Garonne | Achevé |
| Renaison, Teyssonne, Oudan, Maltaverne | Loire-Bretagne | Achevé |
| Reyssouze | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Reyssouze (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rhins et Trambouze | Loire-Bretagne | Achevé |
| Rhins - Rhodon - Trambouzan | Loire-Bretagne | Achevé |
| Rivières du Beaujolais | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rivières franco-genevoises Aire-Drize-Laire | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Romanche | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Roubion - Jabron - Riaille | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Rupt de Mad | Rhin-Meuse | Achevé |
| Salaison | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Salon-Vannon-Gourgeonne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sambre | Artois-Picardie | Achevé |
| Saône, corridor alluvial et territoire associé (2022-2024) | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Saône, corridor alluvial et territoires associés | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Save | Adour-Garonne | Achevé |
| Scorff | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sédelle, Cazine et Brézentine (2ème contrat) | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sédelle et Brézentine | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sègre en Cerdagne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Seille | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Seille (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Selle | Artois-Picardie | Achevé |
| Semène | Loire-Bretagne | Achevé |
| Semois-Semoy | Rhin-Meuse | Achevé |
| Sensée | Artois-Picardie | Achevé |
| Sequana | Seine-Normandie | Achevé |
| Séran et ses affluents | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sèvre Nantaise | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sioule | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sorgues | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sorgues (2ième contrat - 2010-2015) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sorgues (3ème) | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Sorgues-Dourdou | Adour-Garonne | Achevé |
| Sornin | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sornin Jarnossin | Loire-Bretagne | Achevé |
| Sud Grésivaudan | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sud Ouest Lémanique (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sud Ouest Lémanique (Hermance) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sud-Ouest Mont Ventoux | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Suran | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Suran et affluents (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Tarn (81) | Adour-Garonne | Achevé |
| Tarn-amont | Adour-Garonne | Achevé |
| Tarn-amont (2ème) | Adour-Garonne | Signé en cours d'exécution |
| Tarn moyen | Adour-Garonne | Achevé |
| Tech | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Territoires de Chalaronne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Tête de bassin de la Saône | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Têt et Bourdigou | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Thau (4ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Thur | Rhin-Meuse | Achevé |
| Tille | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Trieux | Loire-Bretagne | Achevé |
| Val de Durance | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Val de Saône | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Vallée de la Veyre - Lac d'Aydat | Loire-Bretagne | Achevé |
| Vallée du Doubs et territoires associés | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Veaune, Bouterne, petits affluents du Rhône et de l'Isère | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Véore-Barberolle | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Véore Barberolle (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Vercors (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Vercors Eau Pure | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Verdon | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Verdon (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Veyle | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Veyle (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Vézère (19) | Adour-Garonne | Achevé |
| Vézère (24) | Adour-Garonne | Achevé |
| Viaur1 | Adour-Garonne | Achevé |
| Viaur (2ième contrat) | Adour-Garonne | Achevé |
| Viaur (3e contrat) | Adour-Garonne | Signé en cours d'exécution |
| Vidourle | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Vingeanne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Viosne | Seine-Normandie | Achevé |
| Vouge | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Wimereux | Artois-Picardie | Achevé |
| Woigot | Rhin-Meuse | Achevé |
| Yser | Artois-Picardie | Achevé |
| Yzeron | Rhône-Méditerranée | Achevé |